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日本最早的商标原形，可以追溯到公元701年文武天皇制定的《大宝律令》，当时作为刀剑等武器的生产者有义务在其所生产的刀剑上锻刻上自己的名字。在日本商标以注册形式加以保护的制度始自明治17年（1884年）。当时明治政府基于推行“殖产兴业政策”的需要、并为了满足国外许多国家的要求，在参考欧美多国商标制度后，由特许厅（英文简称“JPO”）第一任长官高桥是清负责紧急起草制定，于明治17年（1884年）6月7日颁布的。该《条例》仅比法国制定的商标法晚27年。
平成15年（2003年）1月1日，日本在《商标法》第68条件第30款明确规定，基于《马德里协定议定书》商标国际注册申请的个别手续费的支付办法，可采取分期缴纳的方式。另外，《商标法》第68条第28款中明确规定，不接受对基于《马德里协定议定书》商标国际注册申请的补正。根据实务经验，在通过马德里国际注册指定到日本时，因产品不符合其特殊要求下发补正等审查意见机会较大。
日本商标法实行申请在先以及一商标一注册原则。现行的《商标法》（公9章85条，附则30条）是昭和34年（公元1959年）未适应本产业和贸易的发展、在《条例》的基础上修订后，与昭和35年（公元1960年）4月1日开始实施。
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